Binary Domain wirft die Spieler mitten in die Schlacht ums Überleben der Menschheit – in ein von Robotern überlaufenes Tokio des Jahres 2080. Sie kämpfen sich dabei durch die verlassenen unteren Ebenen der Stadt und kontrollieren eine internationale Friedenstruppe, die schon bald ihre Entscheidungen und ihr Umfeld in Frage stellt: werden die Roboter immer menschlicher oder die Menschen immer mehr wie Maschinen?

Binary Domains zentrales Thema ist gleichzeitig auch der Schlüssel zur Entwicklung eines innovativen KI-Systems. Die sehr fortschrittliche KI lässt das Schlachtfeld zu einem eindringlichen Erlebnis werden: die Spieler müssen ihre Aktionen strategisch genauer denn je planen, um in den feindlichen Umgebungen erfolgreich agieren zu können.