Cubic Ninja versetzt dich in die Rolle von CCM, einem tapferen kleinen Ninja mit ausgeprägt quadratischer Form. Die Prinzessin deines geliebten Königreichs mitsamt einigen Ninja-Freunden wurde entführt und nur du kannst sie retten. Dazu musst du dich durch ein Labyrinth von über 100 vertrackten Leveln drehen und winden und gegen so schreckliche Gegner wie Wuffbot und Loderbot antreten. Ob Schwerkraftstörungen, flammende Infernos oder die Urkräfte von Wind und Wasser, deine Feinde werden alles daransetzen, dich zu stoppen.